اين، ژنومي، براي، SNP، ارزش‌هاي، اصلاحي

صحت ارزش‌هاي اصلاحي خواهد شد (هابيَر و همکاران، 2007). اين حالت نشان مي‌دهد که در خصوص جمعيت مرجع ويژه لاين، براي دستيابي به برآورد دقيق ارزش‌هاي اصلاحي براي هر لاين، جمعيت مرجع باید داراي تعدادي فرد از هر لاين باشد. به‌عبارتی‌دیگر، جمعیت مرجع باید از همه لاین‌ها تشکیل شده باشد. دليل احتمالي آن اين است که ترکيب افراد از خانواده‌ها و لاين‌هاي مختلف باعث مي‌شود که تمام LD هايي که در اين خانواده‌ها يا لاين‌ها پايدار هستند در معادلات پيش‌بيني استفاده شوند. البته تنها درصورتي اين امکان وجود دارد که تراکم نشانگري به‌اندازه کافي بالا باشد به‌طوري که هر QTL حداقل با يکي از نشانگرها در سطح بالایی از عدم تعادل لینکاژی در خانواده‌ها و نژادها باشد. دِروس و همکاران (2008b) نشان داد که به‌منظور پيش‌بيني دقيق ارزش‌هاي اصلاحي ژنومي براي نژاد جرسي با استفاده از معادلات پيش‌بيني بر اساس يک جمعيت مرجع گاوهاي هلشتاين، حداقل 300000 SNP مورد نياز است در حالي که تراشه‌هاي موجود (50K) براي ارزيابي‌هاي داخل نژادي (يا به عبارتي براي همان نژاد) کارآمد هستند.
همچنین می‌توان از حیوانات تجاری برای تشکیل جمعیت مرجع استفاده کرد. مزیت این حالت این است که می‌توان اطلاعات فنوتیپی صفاتی را که معمولاً در حیوانات اصلاحی رکورد برداری نمی‌شوند، به‌راحتی جمع‌آوری کرد. از این قبیل صفات می‌توان به صفات کیفیت لاشه، مصرف خوراک، پاسخ به چالش‌های بیماری و عملکرد تحت شرایط مدیریت و پرورش تجاری اشاره کرد. برای مثال در کشورهای در حال توسعه، جمعیت مرجع می‌تواند بیشتر تحت شرایط روستایی (نسبت به شرایط غیر معمول و غیر متعارف گله‌های اصلاحی) مدیریت شوند (گُدارد و هِيز، 2007).
11188703175جمعیت مرجع
افراد دارای ژنوتیپ و فنوتیپ
برآورد اثرات آللی
برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در حیوانات کاندیدا
افراد دارای ژنوتیپ
شکل 2-1- فرایند انتخاب ژنومی
جمعیت مرجع
افراد دارای ژنوتیپ و فنوتیپ
برآورد اثرات آللی
برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در حیوانات کاندیدا
افراد دارای ژنوتیپ
شکل 2-1- فرایند انتخاب ژنومی

2-8- مزایای انتخاب ژنومیانتخاب ژنومي فاقد محدودیت‌هایی است که در کاربرد روش‌های BLUP و انتخاب به کمک نشانگر وجود داشت. در همين زمان اندک (از زمان ارايه تراشه‌هاي DNA تاکنون) انتخاب ژنومي توانسته است نرخ پيشرفت ژنتيکي در حيوانات اهلي را افزايش دهد (وِيگِل و همکاران، 2010). افزايش در صحت پيش‌بيني‌هاي ژنومي، به‌ويژه در رابطه با گاوهاي نر جوان در مرحله قبل از ورود به آزمون نتاج به خوبي مشاهده شده است (شِفِر، 2006). به علاوه، می‌تواند اطلاعات قابل اعتمادتري نيز از حيوانات ماده به‌دست آورد که مي‌تواند منجر به پيشرفت ژنتيکي بيشتري از طريق مسير انتخاب گاوهای ماده شود. مطالعات مختلفي استفاده از تراشه‌هاي DNA در جلوگيري از کاهش پيشرفت ژنتيکي و افزايش پنهاني همخوني ناشي از اشتباه در شجره را، سودمند ارزيابي کردند. نتايج اوليه انتخاب ژنومي در گاوهاي شيري در استراليا نشان داد که ارزش‌هاي اصلاحي ژنومي برآورد شده به‌طور قابل توجهي بيشتر از ارزش‌هاي اصلاحي برآورد شده به روش سنتي مي‌باشند حتي اگر تعداد افراد در جمعيت مرجع کم (در حدود 600 راس) باشد (هِيز و همکاران، 2009).
يکي ديگر از مزيت‌هاي انتخاب ژنومي نسبت به مدل‌هاي تک SNP اين است که تمام SNP ها به‌طور همزمان برازش مي‌شوند. اين ويژگي اجازه مي‌دهد که اگر زماني که چندين SNP با يک QTL در حالت عدم تعادل لينکاژي باشند از تمام اطلاعات استفاده شود. همچنين براي هر نوع ساختار جمعيتي قابل استفاده بوده و از طرف ديگر منجر به کاهش نتايج مثبت دروغين خواهد شد (دِکرز، 2012).
2-9- روش‌هاي آماري پيش‌بيني ژنوميبه‌منظور استفاده از اطلاعات ژنومی در اصلاح دام، لازم است که اثر هر جایگاه برآورد، و در نهایت جایگاه‌های دارای جهش علّی (و یا مرتبط با جهش علّی) تشخیص داده شود. با استفاده از پانل‌های خیلی متراکم SNP تعداد نشانگرها از تعداد رکوردها خیلی بیشتر خواهند بود. برازش مدل‌های رگرسیونی p زیاد (تعداد مجهولات: اثرات نشانگری) و n کم (تعداد معلومات: مشاهدات فنوتیپی) به روش‌های انتخاب متغیر و یا افت برآوردها نیاز دارد. رگرسیون ارزش‌های ژنوتیپی از مشاهدات فنوتیپی به‌صورت تقریبی از ارزش‌های ژنتیکی حقیقی است که می‌تواند تابع پیچیده‌ای از ژنوتیپ حیوان در تعداد بسیار زیادی ژن و نیز اثر متقابل پنهانی ژن‌ها با هم و نیز ژن‌ها با محیط باشد. بنابراین، مقادیر باقیمانده مدل‌های رگرسیونی کل ژنوم، یک متغیر تصادفی است که اثرات غیر ژنتیکی، به اضافه خطاهای تقریبی است که می‌تواند ناشی از LD ناقص بین نشانگرها و QTL و یا به علت نقص مدل (در نظر نگرفتن اثرات متقابل) باشد.
با در نظر گرفتن ژنوتيپ در جايگاه‌هاي مورد مطالعه به‌عنوان اثر مستقل در يک مدل رگرسيون خطي مي‌توان نوشت:

که در اين مدل، y متغير وابسته يا فنوتيپ i اُمین فرد، µ عرض از



قیمت: 11200 تومان

Author:

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *